工程招标代理机构是市场经济发展的产物，也是建筑业市场经济完善的重要标志，它在工程招标，工程专业咨询、规范招标行为、提高招标质量方面起着积极的作用，它以严格的管理、超前的意识、科学的运作，赢得了良好的社会信誉，在建筑业市场经济化的进程中将发挥越来越重要的作用，有着广阔的发展前景，但目前招标代理机构在招标代理过程中也暴露出一些不容忽视的问题和矛盾，直接制约了招标代理机构的发展。
1.招投标代理机构缺乏应有的独立性
招投标代理机构是依法设立的从事招投标代理业务并提供相关服务的社会中介组织。按相应法律、法规，其与行政机关没有行政隶属关系和其他利益关系，也就是说既不隶属于建设工程招投标监督部门，也不受控于委托方，而是独立的第三方。但目前的现状却不容乐观。一部分招投标代理机构不是靠自身熟悉相关法律、法规、人才和为被代理人提供廉洁、优质、高效服务等优势，而是靠与招投标人的关系好坏，靠招投标监督管理部门的行政调控来开展工作。有的招投标代理机构对个别招投标人的不正当要求，不但不自觉抵制，甚至还为招投标人违规操作提供种种便利，出谋献策。目前这一系列较为普遍存在的问题，导致一些中介代理机构难以有真正的独立。
2.工程项目招标代理机构行为缺乏诚实信用、其公开性有待加强
在工程招标代理项目中，招标代理公司受业主委托，行使工程招标代理业务。一些业主多少对投标人有一些倾向，招标代理公司可以在法律允许的情况下，达到业主的满意，本是无可厚非。但有的招标代理公司不是靠自身人才优势、熟悉招标法律、法规和严谨的工作作风，不是靠树立招标代理机构的代理诚信、公平、和公正品牌，而是为讨好业主，无视法律法规，无原则的迁就对方的无理要求，按照招标人的意愿去“量体裁衣”，组织招标代理业务。如在公开报名时有意排斥潜在投标人，提出种种理由来限制非意中投标人的报名。更有甚者，个别招标代理公司采用不正当手段动用各种社会关系来劝阻已报名的投标单位放弃投标；
还有的招标代理公司在编制招标文件时，有意增加带有排斥或歧视性的条款来增加非意中投标人中标的难度。也有的招标代理人为了自己有利的投标人，暗中设置不合理条款或陷井，让招标人就范或为投标人投标入围、中标提供违规操作。
3.招标代理队伍良莠不齐
由于国家推行招标代理制的时间不长，行业主管部门设置不明确，相关措施不健全，在一定程度上造成对代理机构的市场监管力度不甚到位，客观上也造成了招标代理行业的无序竞争和混乱。同时，由于市场准入机制的原因，看到代理市场有利可图，一些人就利用社会关系找门子、搞挂靠，有许多小的代理机构就是依靠外地高资质的代理企业成立的，这些机构平时工作人员很少，更谈不上什么高素质，不具备招标代理工作的基本素质，没有编制招标文件、组织资格预审和评标的能力。目前，这种代理机构在许多地区都是存在的，导致的消极后果便是代理机构素质参差不齐、数量众多，从业人员只顾眼前经济利益，缺乏行业自律意识、进而妨碍了整个行业的健康和谐发展。