我们可以从三方面来理解《祈祷》的内涵：
第一，从基本的层面上讲，这依然是闻一多满怀深情的爱国主义诗篇，诗的中心意义就是激赏中华民族的伟大、中华文化的悠久与灿烂。诗人历数了中国历史上无数的仁人志士、英雄豪杰，有我们民族的远祖黄帝，有“遍尝百草”的中国农业文明先师神农，有德高望重、治国有方而成为万世景仰的尧舜，还有血性豪侠、反抗强暴的荆轲聂政，这都是中国人引以为荣的楷模，他们象灯塔一样永远照耀在民族历史的最前端，勉励后来者奋斗不息；
在以后漫长的文明发展史上，又曾不断涌现出一系列高尚的、智慧的贤人，如孙子、庄周、淳于髡、东方朔等等。传说中的麒麟向来被中国人当作“仁兽”，一生推行仁义道德的孔子见麒麟之死而伤道穷，从此绝笔。庄周文章的幽默辛辣、一针见血，淳于髡数使诸侯，滑稽善辩，东方朔更是以见多识广、聪慧过人著称。先贤的事迹是难以数尽的，随便拈出几个便让人思慕不已。接着，诗人又借用历史传说，极力表现了中华文化悠久的历史和奇幻灿烂的气质。据称伏羲氏教人结网捕鱼，驯养牲畜，教民嫁娶，还仰观天文，俯察地理，创八卦，立文字，文明的繁盛引起了“龙马出河”、“凤凰授歌”。
那么，在这样一个大的文化思潮的背景下，闻一多的特色是什么呢？那就是他在热烈地赞颂中国文化的同时依然保持着清醒的头脑和敏锐的现实主义意识。在二十世纪文明的浪涛拍击声里，他分明意识到，我们古老的文化毕竟老得僵硬了，所有的辉煌都成为遥远的历史，不再可能复活，未来的中国文化的繁荣很难说就还是“河马献来的馈礼”，是“九苞凤凰”传授的音乐节奏；
当代中国人也似乎有他们自己的生活方式、人生情趣，并不都如诗人所想象的那样迷醉于漫长的过去。那么，弘扬民族文化、抵御外来侵略的希望何在呢？诗人难以掩饰他由此而产生的迷惘和痛苦。这也就是《祈祷》思想内涵的第二个层面。
第二，全诗表现了闻一多在呼唤民族文化复兴之际的沉痛的现实感受。诗歌自始至终响彻着这样的话：“请告诉我谁是中国人”，劈头盖脸地扑过来，让人猝不及防，它那鲜明的情感色彩与它在意义上的蹊跷费解形成了强烈的反差效果：谁是中国人，这还难回答吗，是你，是我，是当时的“四万万同胞”。但是，闻一多偏偏要这样顽固地追问，可见，他所谓的“中国人”并不是一般的“国籍”概念，而是他心目中的能够称得上黄帝后裔的俊杰。“中国人”就是如痴如醉地热爱民族文化，捍卫中华传统的人，而他所观察到的“同胞”却太怯弱太卑下了，他们完全没有能力肩负起复兴中国的重任。在《长城下之哀歌》一诗中，诗人甚至说：“从今只有半死囚奴，鹄面鸠形。／抱着金子从矿坑里爬上来，／给吃人的大王们献寿谢恩。”“从今瞥着万只眼睛在街市上，／骷髅拜骷髅，骷髅赶着骷髅走。”既然一个真正的“中国人”都难以寻觅，那么“如何把记忆抱紧”就当然成了问题。而“民族的伟大”也就需要我们也重新清醒、重新讲述。“轻轻的告诉我，不要喧哗！”这句妙在“轻轻”二字之上，可以想象，在碌碌营利的现代社会，到处是诗人讨厌的喧嚣嘈杂、一片狼藉，也许我们并不缺乏形形色色的“地大物博”之辞，但那主要是向西方的主人“献寿谢恩”，奴才为了讨得主子的欢心，就需要竭力夸张自己的成果，“喧哗”一阵；
而“轻轻”才是发诸内心深处的真挚和深情。可惜到如今，象这样的“轻轻”却也要诗人在满世界地寻找了。从这里，我们也发现了诗歌的第三层涵义。
第三，全诗表现了闻一多在迷惘悲观中执着追求、苦苦寻觅的探索精神。诗歌几乎全是由祈使句与疑问句组成，生动地传达出了诗人努力摆脱疑惑、反抗绝望的挣扎过程。“祈祷”原是宗教术语，是凡人向上苍祈求，表达心愿。“祈祷”是人生痛苦之使然，“祈祷”是对人间力量绝望的结果；
但“祈祷”终究还是有所希望，特别是渴望那种来自于冥冥之中的超自然威力的降临，从这没有希望的世界重新制造出希望来。这或许就代表了闻一多那无可奈何的挣扎吧。