司法体制改革作为全面深化改革的重头戏，不断向纵深推进。司法体制改革取得了一定的成效，也存在一些问题。
一、“大部制”内设机构融合不够
改革调整后新设置的内设机构在机构职能、人员配置等方面融合度不够。比如，新设立的检务保障部，整合了原办公室、技术科、法警大队等部门，这些职能各自独立，融合起来存在一定的难度，需要进一步明确职责范围，形成工作合力。新的“大部制”内设机构，其负责人一般由院领导兼任，有些院领导大部制的理念、沉下去的意识未能及时树立，对于很多内设机构负责人来说，一方面要承担行政管理、队伍管理方面的职责，另一方面还要履行员额检察官司法办案的职责，统筹协调做好两个方面的工作有不小的难度。部分原科室部门负责人对从中层干部变为普通检察官思想准备不充分，思想上未能与内设机构改革的实际相融合。有些检察院改革后对检察官联席会议、检察委员会的性质、功能和召集程序有模糊认识，对司法办案产生一定消极影响。
二、检察人员职业保障措施单一
加强检察人员的职业保障，保护检察人员履行法定职责，是确保依法独立公正行使检察权的重要举措。尤其是在实施检察人员办案质量终身负责制的情况下，加强检察人员职业保障显得更加重要。根据调研的情况，检察机关普遍能够认识到加强检察人员职业保障的重要性，但更多关注的重点、采取的措施比较单一，更多地侧重于经济方面的保障，对检察人员的政治待遇、独立办案、人身保护等关注得不够。与员额检察官单独职务序列相配套的政策还不尽完善，员额检察官等级对应行政职级的相关待遇没有落实。即便是在经济待遇方面，也存在保障不到位的现象，有的基层检察院绩效奖金没有完全兑现。
三、检察辅助和司法行政人员队伍不够稳定
检察机关人员分类管理改革后，员额检察官的比例减少到三分之一左右，一方面，检察官助理、书记员等检察辅助人员配备不足，办案压力较大；
另一方面，由于身份的变化、职级的限制、待遇的不同，检察辅助和司法行政人员队伍不太稳定，这给各级检察机关带来了很大的挑战。很多原来的检察员、助理检察员或是转岗到司法行政部门，或是转任为检察辅助人员，失去了检察官的身份。转岗到司法行政岗位的原检察官，承担着繁重的事务性工作，但待遇上受到一定的影响，行政职级上升空间又有限。转任为检察辅助人员的原检察官从过去独立办案到目前只能从事辅助工作，在一定程度上影响了他们对职业前景的期望，经济待遇也有所下降。此外，检察机关行政附属编制人员目前还承担一定量的辅助办案和行政事务工作，但这类人员按现行政策不纳入绩效考核奖励，工作积极性也受到较大影响。